Me he encontrado con un problema muy simpático, al generar un instalador con un componente adicional en ClickOnce. Resulta que proyecto publicado necesita de unas librerías que necesitan estar registradas en la GAC, entonces pueda que necesitemos que nuestro instalador nos ayude un poco con esto, ya que no le vamos a explicar a un cliente que él debe registrar estos ensamblados manualmente, eso para ellos es como pedirle a un niño resuelva el problema de movilidad de Bogota (Colombia). pues bien, estos son los pasos.
Una vez creado el instalador (sino lo han creado este ejemplo les puede servir) debemos acceder al sistema de archivos, para esto le damos click derecho sobre el proyecto y seleccionamos ver -> sistema de archivos.
Ahora vamos a ver las carpetas por defecto de nuestro instalador:
En la raiz de nuestro sistema de archivos le damos click derecho e incluimos una carpeta especial, para este caso, adicionamos la "carpeta cache de ensamblados global", la cual nos va a permitir que adicionemos aquellos asemmblies que deben registrarse en la GAC.
Espero les sirva de apoyo.
Si quieren saber un poco más